Ak sme si svoje liečivé kamene sami nazbierali alebo sme si ich priniesli z burzy, treba ich najprv dôkladne očistiť od nánosov a prímesí. Platí to najmä o kryštáloch – čím čistejší kryštál, tým väčšia jeho sila.

Na prvotné čistenie použijeme tečúcu vodu. Niekedy však treba minerál vložiť do vody (s čistiacim prostriedkom) a nechať postáť a na záver dôkladne vyčistiť kefkou. Ak sa prímesi z kryštálu neoddelia, odporúča sa použiť kyselinu, najčastejšie kyselinu octovú alebo soľnú (napríklad pri oddelení kalcitu od quartzu/kremeňa). Pre železité inklúzie sa odporúča kyselina šťavelová.

Na konci tohto procesu čistenia ešte raz dôkladne umyjeme minerál destilovanou vodou.